Cyn dod yn dywysog y gwrthryfelwyr, roedd Glyndŵr yn gyfreithiwr hyfforddedig ac yn filwr i frenin Lloegr. Yn y 1390au hwyr roedd arglwydd cyfagos wedi gwarchae rhannau o'i dir a'i frandio'n llwfrgi gerbron llys brenhinol Lloegr. Anwybyddog Senedd y Brenin apeliadau Glyndŵr am gymorth.

 

I gymryd materion i'w ddwylo ei hun, yn 1400 ysgogodd Glyndŵr wrthryfel Cymreig yn erbyn coron Lloegr a datgannodd ei hyn yn rheolwr Cymru. Mewn ymateb fe sefydlodd Lloegr gyfreithiau gwrth-Gymreig, gan gyfyngu'n drwm ar allu pobl Cymru i wneud arian, bod yn berchen ar eiddo, amddiffyn eu hunain, a hyd yn oed priodi. Daeth hyn â mwy fyth o Gymry i ochr Glyndŵr. Erbyn 1403 roedd mwyafrif Cymru yn ymladd dros annibyniaeth, ac yn 1404 sefydlodd Owain Glyndŵr ei senedd ym Manchynlleth.

 

Datganodd Senedd Cymru fod Cymru yn genedl annibynnol a oedd i redeg o dan hen gyfreithiau Hywel Dda. Roeddent hefyd yn bwriadu sefydlu eglwys Gymreig genedlaethol a dwy brifysgol i wasanaethu'r wlad. Fodd bynnag, er gwaethaf angerdd y Cymry a’r cynghreiriau a ffurfiwyd â Ffrainc a’r Alban, dechreuodd y llanw droi.

 

Roedd Lloegr yn cyfuno tactegau brwydro didostur â gwarchaeau economaidd, ac roedd cynghreiriaid Cymru a Ffrainc yn gwrthod parhau i helpu. Erbyn 1410 roedd y gwrthryfel yn methu, arweinwyr amlwg wedi eu carcharu neu eu dienyddio, ac yn 1412 aeth Glyndŵr i guddio.

 

Roedd y gwrthryfel wedi difetha Cymru yn economaidd, a Lloegr wedi gosod deddfau gormesol i sicrhau na fyddai gwrthryfel byth yn digwydd eto. Gwrthryfel Glyndŵr oedd y frwydr olaf ar raddfa fawr dros Annibyniaeth Cymru.